для выдачи свидетельства на перевоз животного критично только наличие прививки от бешенства, свидетельство действительно в течении 3 дней до дня перевозки и весь период прохождения маршрута, поэтому если полетите обратно, то укажите весь маршрут, чтоб в месте назначения вторую справку не брать.